Affymetrix CEL 파일은 GeneChip 마이크로어레이를 한 번 스캔한 프로브 강도 데이터를 담아요. 각 프로브 셀의 x 및 y 위치, 강도, 표준 편차, 픽셀 수를 v4 바이너리 GCOS 형식이나 이전 v3 텍스트 형식으로 저장해요. 유전자 발현 분석의 기초 데이터이며, GEO에서 보통 gzip으로 압축해 배포해요.
탭으로 구분된 값(TSV) 파일은 데이터베이스 테이블이나 스프레드시트 데이터처럼 표 구조의 데이터를 저장하는 간단한 텍스트 형식이에요. 데이터베이스 간에 정보를 교환하는 수단으로도 사용해요.