Affymetrix CEL 파일은 GeneChip 마이크로어레이를 한 번 스캔한 프로브 강도 데이터를 담아요. 각 프로브 셀의 x 및 y 위치, 강도, 표준 편차, 픽셀 수를 v4 바이너리 GCOS 형식이나 이전 v3 텍스트 형식으로 저장해요. 유전자 발현 분석의 기초 데이터이며, GEO에서 보통 gzip으로 압축해 배포해요.
SQLite 데이터베이스는 테이블, 인덱스, 뷰를 하나의 파일에 담은 완전한 관계형 데이터베이스예요. 앱, 브라우저, 휴대폰에 내장된 SQLite 라이브러리로 읽고 쓸 수 있어요.