Affymetrix CEL 파일은 GeneChip 마이크로어레이를 한 번 스캔한 프로브 강도 데이터를 담아요. 각 프로브 셀의 x 및 y 위치, 강도, 표준 편차, 픽셀 수를 v4 바이너리 GCOS 형식이나 이전 v3 텍스트 형식으로 저장해요. 유전자 발현 분석의 기초 데이터이며, GEO에서 보통 gzip으로 압축해 배포해요.
CSV 파일은 Microsoft Excel이나 OpenOffice Calc 같은 스프레드시트 프로그램에서 흔히 사용하는 쉼표로 구분된 값 파일이에요. 쉼표로 구분된 일반 텍스트 데이터를 담고 있으며, CSV 파일의 각 줄은 새로운 데이터베이스 행을 나타내고 각 행은 쉼표로 구분된 하나 이상의 필드로 구성돼요. CSV 파일은 스프레드시트 프로그램에서 열어 데이터를 셀로 정리하거나 데이터베이스 간에 데이터를 전송할 때 자주 사용돼요.